SEには様々な働き方があります。最も多いのは企業のIT部門で働く方法です。企業が使用しているシステムの運用や社員からのIT関係の依頼に対応したりします。プログラマーとの線引きが難しい場合もありますが、一般的にはプログラムをメインの業務にすることは少ないです。しかし、いろいろな仕事をこなすうえで、プログラミングをはじめとした基本的な情報処理の知識は持っている人が多いです。
また、駐在する形で働くパターンも多いです。システムエンジニアの派遣会社は世の中に多数存在します。システムエンジニアを雇用していない企業がITを導入する際によく派遣の依頼をします。派遣されたシステムエンジニアは、ITの導入を行い、その後もITの運用を担当することが多いです。
最近増えている働き方としてフリーランスがあります。どの企業にも所属せずに、広く依頼を受けて仕事をします。非常に柔軟に働けるメリットがあります。しかし、その反面、依頼を受けなければ一切の収入が無くなってしまいます。つまり、案件紹介を常にしてもらえる環境を築くことが重要であるといえます。安定して依頼をしてくれるクライアントを何人か確保できれば、収入が非常に安定します。